Tim en zijn Boss Baby-broertje Ted zijn volwassen geworden en zijn elkaar uit het oog verloren. Tim is nu een getrouwde huisvader en woont samen met zijn vrouw Carol en zijn slimme 7-jarige dochter Tabitha en baby Tina in een buitenwijk. Ted is de CEO van een hedgefonds. Maar een nieuwe Boss Baby met een vooruitstrevende aanpak staat op het punt hen weer bij elkaar te brengen.